ظهور صهیونیسم در قالب دولت غاصب اسرائیل و تهدید همه‌جانبه مسلمانان در منطقه موجب تحولات بی‌شماری در خاورمیانه گردید. از این پدیده و مجموعه رویدادهای آن در ادبیات روابط بین‌الملل با عنوان “بحران اعراب و اسرائیل? نام برده شده است. در اندیشه امام، صهیونیسم، حرکتی است علیه اسلام و مسلمین. تلاش فکری ایشان این بود که این بحران را از یک مقوله عربی، به مقوله‌ای اسلامی تغییر بیابد.(7) شکی نیست که چنین تلاشی ناشی از اندیشه وحدت اسلامی امام بود و منجر به تحقق عملی آن می‌گردید. از منظر سیاسی و نظامی نیز چنین نگرشی موجب قراردادن یک میلیارد مسلمان به جای صد میلیون عرب در مقابل اسرائیل بود. امام اسلام‌ستیزی صهیونیزم را بارزترین ویژگی این حرکت، تحت حمایت قدرت‌های استعماری می‌دانست. صهیونیزم‌ از دیدگاه ایشان پدیده‌ای سیاسی،‌ استعماری، غیر مذهبی و جدا از جامعه یهود است. (8) امام مخالفت خود با اسرائیل و صهیونیزم را از مخالفت با دین یهود و یهودیان جدا دانسته حتی احترام به مذاهب دیگر را گوشزد می‌کند. (9)
امام صهیونیزم را مولد و ساخته استعمار و استکباری می‌داند که تحت حمایت مستمر در آمریکا قرار دارد. ایشان با اشاره به پیوند صهیونیست‌ها با بزرگ‌ترین سرمایه‌ها و سرمایه‌داران غرب به ویژه آمریکا، خاستگاه و علت پیدایش اسرائیل این چنین بیان می‌کنند:
“اسرائیل با تبانی و هم‌فکری دولت‌های استعماری غرب و شرق زاییده شد و برای سرکوب و استعمار ملل اسلامی به وجود آمد و امروز از طرف همه استعمارگران حمایت و پشتیبانی می‌شود. انگلیس و آمریکا با تقویت نظامی و سیاسی و با گذاشتن اسلحه‌های مرگبار در اختیار اسرائیل آن را به تجاوزات پی‌درپی علیه اعراب و مسلمین برمی‌انگیزانند.? (10) از دیگر ویژگی‌های صهیونیزم که در آثار و سخنرانی‌های امام تأکید زیادی بر آن شده، ایدئولوژی از نیل تا فرات است. ایشان، بر این باور بودند با اشغال فلسطین، لبنان، جولان و عقد قراردادهای صلح و سازش، تجاوزات صهیونیست‌ها، خاتمه نخواهد یافت، بلکه آنها به منظور تحقق اسرائیل بزرگ گام برمی‌دارند و خطرشان متوجه همه خاورمیانه و سرزمین‌های اسلامی است. امام ضمن هشدار، به دول عربی منطقه به منظور محو اسرائیل از جغرفیای سیاسی، به تجهیز و قیام علیه اسرائیل توصیه نمودند. (11)
در همین زمینه، ایشان با تذکر بازی‌های سیاسی آمریکا و اسرائیل در قالب صلح‌طلبی آن را یافتن فرصت زمانی برای برداشتن قدم بعدی به منظور تحقق مقصد شوم صهیونیسم یعنی حکومت بر بلاد مسلمین از نیل تا فرات دانستند. (12) این حرکت اسرائیل را همانند حرکت آرام یک افعی خزندة خطرناک، تهدید بزرگ برای تصاحب و غارت منطقه ذکر کرده‌اند. (13)
به طور کلی، از دیدگاه امام، صهیونیسم یعنی اسلام‌ستیزی، مذهب‌ستیزی، توسعه‌طلبی، مولود استکبار، جرثومه فساد، ابزار سیاسی برای یغمای سرزمین‌های زرخیزو منابع سرشار کشورهای اسلامی، که در قالب نقشة شوم از نیل تا فرات به دنبال دست یافتن به دکترین استعماری خویش‌اند.